2018年1月26日コインチェックが保持している仮想通貨のうちNEM(ネム)(通貨記号はXEM)建ての顧客資産がクラッキングにより取引所から外部に送金されさらに別口座に移転されてほぼ100%流出してしまう事態が発生した。

同社はこれをNEM残高激減から認識し順次取引を停止して告知し、警視庁と金融庁に報告して原因究明に当たった。また、NEMを推進するNEM財団や国内外のNEM取引所に、流出NEM資産の追跡や売買停止を要請した。

しかしその後、NEM財団とコミュニケーションが取れていない一部取引所で交換が行われて100億円規模で漏れ出すことになったことを、NEM財団のマクドナルド副代表も認めている。